Manakala di bawah kepimpinannya, Ikhwan telah melalui Revolusi Mesir 1952 dan empat perang Arab-Israel, iaitu pada 1948-1949, 1956, 1967 dan 1973.Ketika tercetusnya perang pertama, Al-Hudhaibi menyeru keluarganya yang terdiri di kalangan golongan terkemuka Mesir untuk menubuhkan cawangan-cawangan Ikhwan. Beliau menggerakkan Ikhwan di seluruh Mesir untuk berdepan dengan golongan Zionis dan mempertahankan bumi Palestin.
Dalam perang pertama pasukan jihad Ikhwan adalah yang paling handal menggempur kelompok-kelompok tentera Zionis. Pasukan Ikhwan jugalah yang mempertahankan tentera Mesir ketika tentera tersebut terpaksa berundur dari bumi Palestin.
Namun, setiba sahaja ke Mesir, di atas tekanan Amerika dan kuasa-kuasa Barat, Raja Farouk telah menahan dan memenjarakan mujahidin Ikhwan. Tidak kurang dari 10,000 orang mujahidin Ikhwan yang dihumban ke dalam beberapa penjara Mesir.
Pada tempoh tersebutlah, Al-Hudhaibi cukup sibuk berurusan dengan pemerintah untuk membela dan membebaskan anggota-anggota Ikhwan melalui proses undang-undang. Al-Hudhaibi juga turut menggerakkan Ikhwan untuk mewujudkan sistem sokongan bagi membantu anak-anak dan keluarga tahanan yang merengkok dalam penjara.
Dalam Revolusi 1952, Sayyid Qutb ditampilkan sebagai tokoh Ikhwan untuk bertahalluf dengan Naguib dan Jamal Abdul Nasir bagi menggulingkan pemerintahan Farouk. Revolusi tersebut menjanjikan untuk menempatkan Islam sebagai dasar pemerintahan negara.
Setelah Revolusi 1952 berjaya mengguling Farouk, Sayyid Qutb diundang untuk menyertai kabinet sebagai menteri pendidikan. Walau bagaimanpun, Sayyid Qutb menolaknya kerana Jamal Abdul Nasir mungkir janji apabila memasukkan golongan sosialis, nasionalis serta tidak meletakkan Islam sebagai dasar pemerintahan.
Percubaan kedua untuk mendapat sokongan Ikhwan dibuat terus melalui Al-Hudhaibi. Majlis Pemerintah Revolusi pimpinan Jamal Abdul Nasir menawarkan tiga kementerian untuk diterajui oleh Ikhwan. Pada peringkat awal tawaran tersebut diterima oleh Al-Hudhaibi. Tiga orang tokoh terkemuka Ikhwan iaitu Syeikh Hasan Al-Baquri, Hasan Al-’Ashmawi dan Munir Al-Dilla dinamakan sebagai calon-calon Ikhwan.
Majlis Pemerintah Revolusi menolak Hasan Al-’Ashmawi dan Munir Al-Dilla, sedangkan Syeikh Hasan Al-Baquri sudah pun menerima jawatan tersebut. Keadaan ini menimbulkan ketegangan.
Maktab Irshad Ikhwan kemudian bersidang untuk memutuskan untuk menolak tawaran pemerintah revolusi bagi Ikhwan terlibat dalam kabinet. Dua sebab utama penolakan tersebut adalah kerana kuasa pemutus di setiap kementerian bukanlah milik menteri tetapi terletak di atas kuasa pegawai tertinggi tentera Revolusi yang ditugaskan di situ. Sebab kedua adalah hanya dengan tiga kementerian dalam kerajaan, suara Ikhwan tidak cukup kuat untuk menentukan pemerintahan akan berjalan di atas landasan Islam.
Di atas sebab itu Ikhwan memutuskan untuk tidak menyertai kerajaan. Hubungan tegang antara Majlis Pemerintah Revolusi dengan Ikhwan semakin memuncak. Pada peringkat awal, tiada tindakan diambil terhadap pemimpin-pemimpin Ikhwan. Namun, setelah kuasa Majlis Pemerintah Revolusi semakin bertambah teguh, mulalah pemimpin-pemimpin Ikhwan ditangkap, diseksa dan dipenjarakan oleh Jamal Abdul Nasir.
Al-Hudhaibi keluar masuk penjara berkali-kali. Pernah juga dia dijatuhi hukuman gantung sampai mati. Ketika itu usianya sudah pun agak lanjut. Namun semangat dan jiwanya amat kental.
Al-Hudhaibi mengingatkan anggota-anggota Ikhwan: “Penjara bukan tembok tebal dan jeriji besi. Sebenarnya penjara adalah keadaan dalam perasaan dan fikiran kalian”.
Semasa bertahun-tahun dalam penjara dengan dianiaya dan diseksa, Al-Hudhaibi terus menyuntikkan semangat anggota-anggota untuk terus bertahan. Beliau terus menyemarakkan semangat teguh mempertahankan Islam dan untuk hidup sepenuhnya di bawah naungan Islam. Al-Hudhaibi mahu anggota-anggota Ikhwan terus meningkatkan tarbiyyah dan tazkiyyah diri walaupun sedang merengkok dalam penjara.
Syeikh Abdul Badi’ Saqr, juga seorang yang dipenjarakan oleh rejim Jamal Abdul Nasir menceritakan bahawa suatu hari Al-Hudhaibi menemuinya di depan bilik air penjara.
Al-Hudhaibi bertanya: “Berapa hari kamu khatamkan Al-Quran?”.
Aku menjawab: “Setiap lima belas hari!”.
Al-Hudhaibi berkata: “Apakah yang menghalang kamu untuk mengkhatamkan dalam tiga hari? Bacalah dua juzu’ setiap selesai solat waktu sedangkan kamu masih berwudhu’. Ingatlah peluang seperti ini tidak akan berulang!”
Oleh kerana kesihatannya semakin kritikal, hukuman gantung sampai mati terhadapnya ditukar kepada hukuman penjara seumur hidup. Apabila pemerintah menyangka bahawa Al-Hudhaibi akan mati dalam penjara disebabkan penyakitnya itu, maka pemerintah pun membebaskannya dengan sangkaan Al-Hudhaibi akan mati beberapa hari lagi.
Dengan kehendak Allah apa yang diharapkan oleh pemerintah itu tidak berlaku. Sebaliknya Al-Hudhaibi terus memimpin Ikhwan dengan lebih gagah lagi. Melihat ini, pemerintah sekali lagi menahan dan menghumban Al-Hudhaibi ke dalam penjara!
Tidak ada yang lebih menggembirakan Al-Hudhaibi selain daripada dikumpulkannya semula untuk kembali bersama-sama anggota-anggota Ikhwan di dalam penjara.
Al-Hudaibi juga bencikan keganasan. Pernah sebilangan anggota-anggota Ikhwan berkata kepadanya: “Bukankah bilangan kita dalam penjara ini mencecah ribuan orang? Mengapa kita tidak menyerang pengawal-pengawal penjara demi membebaskan kita dari penjara ini?”.
Al-Hudhaibi menjawab: “Barangsiapa melakukan tindakan tersebut, maka dia bukan anggota Ikhwan!. Sesungguhnya, nyawa seorang dari seribu anggota Ikhwan adalah lebih berharga bagiku daripada batang leher Jamal Abdul Nasir! Berjaga-jagalah!, jangan ada seorang di kalangan kalian yang memberi kesempatan kepada anjing-anjing hina itu untuk menghapuskan golongan orang-orang yang beriman. Tahanlah diri kalian, bersabarlah, tingkatkanlah kesabaran dan tetap tabahlah sehingga datang ketetapan Allah”!
Hasan Al-Hudhaibi juga mengikuti dan mengukuhkan tradisi Ikhwan Muslimin dalam mentarbiyyah dan membawa seluruh keluarga dalam perjuangan Islam. Al-Hudhaibi mempunyai seorang isteri yang berjiwa kental, Ummu Usamah.
Ketika Al-Hudhaibi dalam tahanan penjara, seorang menteri Mesir telah mengutus isterinya untuk bertemu dengan Ummu Usamah. Tujuannya adalah untuk menenangkannya serta memberitahu bahawa menteri tersebut telah berbuat yang terbaik untuk menyelamatkan Al-Hudhaibi.
Ummu Usamah berkata: “Siapa yang memberitahu kepada suamimu yang kami gelisah dan sedih sehingga kamu bersusah payah untuk memberi nasihat kepada kami, menenangkan hati kami dan memberi khabar gembira bahawa Ustaz selamat? Apakah puan ingin memberitahu kepadaku dan anak-anakku bahawa hukuman telah ditetapkan sebelum dijalankan perbicaraan? Adakah puan mahu memberitahu kepada kami bahawa hukuman yang akan diterima oleh Ustaz adalah hukuman mati?”
Ummu Usamah seterusnya menegaskan: “Wahai Saadiyah Hanim, isteri pembesar Mesir yang mulia, saya mohon agar puan dengar dengan baik dan sampaikan kepada Tuan Menteri! Sampaikan bahawa Hasan Al-Hudhaibi tidak memegang kepimpinan Ikhwan Muslimun kecuali setelah menyaksikan pendahulunya yang agung, Asy-Syahid Hasan Al-Banna telah diculik dan dibunuh secara keji dengan terang-terangan di tepi jalan ibu kota negara ini. Hudhaibi tidak menerima untuk menjadi pengganti beliau kecuali menunggu akhir kehidupannya yang sama seperti beliau. Sungguh, ia telah menjual dirinya untuk Allah dan kami juga menjual diri kami bersamanya untuk Allah. Bila semua itu terjadi kerana takdir Allah maka tak seorang pun akan melihat kami kecuali dalam ketenangan, ketenteraman dan kebahagian. Sebab kami serahkan sepenuhnya segala urusan manusia kepada Allah. Kami mengharapkan pahala-Nya dan kami sangat berbahagia bila dapat menyusulnya sebagai syuhada’”
Kemudian Ummu Usamah berpaling kepada anak-anaknya Ilyah, Khalidah dan Su’ad sambil berkata:”Inilah pendirian ummi, bagaimana pendapat kalian wahai anak-anak?”
Serentak mereka menjawab: “Tidak ada perbezaan sedikit pun pendapat kami dengan pendapatmu, wahai ummi!”